Desa kayu batu memiliki sejarah yang cukup menarik untuk di ketahui yang mana lokasi ibu desa yang ada saat ini dulu disebut dengan rantau seri buayan, sedangkan ibu desa kayu batu pada jaman kewadenaan lokasinya tepat berada di tempat yang saat ini dikenal dengan telok liri yang masih bisa dibuktikan dengan adanya kuburan/makam lama warga desa kayu batu kala itu, berpindahnya ibu desa ke rantau seri buayan yang dikenal dengan kayu batu saat ini adalah atas perintah raja kutai dengan alas an untuk keamanan dan keselamatan warga mengingat waktu itu sering terjadi pembunuhan dengan cara pemenggalan kepala yang disebut warga jaman ayau, dengan berpindahnya warga ke rantau seri buayan yang berdekatan langsung dengan desa muara muntai yang dikenal saat ini dengan desa Muara Muntai Ulu secara jumlah dan kelompok warga menjadi semakin banyak dan bisa saling menjaga sehingga keamanan dan ketentraman bisa terealisasi kejadian pembunuhan oleh ayaupun tidak terjadi lagi. Namun saat itu tidak semua warga mengikuti perintah raja untuk pindah ke rantau seri buayan masih ada juga yang pindah ke lokasi lain dengan membentuk kelompok sendiri di daerah puandana yang dikenal dengan sebutan gunung dagang kala itu dimana disaat disana terdapat berbagai suku yang membaur diantaranya, toing hoa, dayak, dan kutai hal tersebut dapat dibuktikan dengan adanya makam orang-orang toing hoa dan orang islam di nusa sawar yang juga disebut dengan nusa kubur oleh warga, sedangkan warga dayak pada waktu itu tidak memiliki makam karena pada saatmeninggal mereka meletakan jenazah dalam sebuah peti kayu yang mereka sebut dengan lungun.

Daftar Nama Kepala Desa Kayu Batu